執行業務辦理結算申報方式如下：

二、書面審核:

一、依法核定：
依據醫生個人所經營之醫療院所之年收入(含健保、掛號及自費等)依下列法定純益率計算稅額：
健保部份:(含掛號費及自付額)28%----純益率
國稅局規定非健保部份之法定純益率:
西醫師：
(一)診費不含藥費80%
(二)診費含藥費，依下列標準計算
1.內科：60%
2.外科：55%
3.牙科：60%
4.眼科：60%
5.耳鼻喉科：60%
6.婦產科：55%
7.小兒科：60%
8.精神病科：54%
9.皮膚科：60%
10.家庭醫學科60%
11.骨科：55%
12.其他科別：57%
(三)西醫師受聘在未參與全民健康保險之醫療機構駐診者，駐診收入係與駐診醫療機 構拆帳者，按實際收入減除20%必要費用。
中藥師：
(一)診費不含藥費80%。
(二)診費含藥費55%。
藥師：
(一)非健保收入80%
(二)全民健康保險(含藥費)為8%

執行業務者申報之執業所得額，合於下列書面審查標準者，稽徵機關得予書面審查核定。

(一)依法設賬、登記驗印，並依法辦理結算申報者。
(二)申報收入與稽徵機關蒐集收入資料相符，無逃漏稅收入等情事者。
(三)申報或調整之純益率達各該行業規定之標準以上者。各行業書面審查之純益率標準， 稽徵機關於每年提出工作計劃時予以訂定之。茲將台北市國稅局目前訂定之書面審核純益 率標準列表如下：

業別	業別
中醫、西醫	25%
牙醫-	30%

三、核實認列：

即依據院所之收入
(健保收入＋自費收入＋掛號收入等)，減除各項成本及費用詳細計算出收益，然後列入醫生個人綜所稅之執行業收入，申報個人總所得。

四、記帳舉例：

假設：大雄診所，家有配偶，子女2人，皆上大學，用標準扣除額，其88年營業收入明細如下：
1-12月總人次為18,000人次
掛號費及自付額每次100元
優待掛號：榮民總人次為352人次
重大傷病總人次為54人次
低收入總人次為432人次
60歲以上老人（不 含榮民）1020人次
掛號費：（18,000-352-54-432-1,020）*50
=807,100.............(1)
自付額：（18,000-352-54-432）*50
=858,100....................(2)
醫療收入：5,921,850.........................................(3)
全年自費：200,000...........................................(4)
(1)+(2)+(3)+(4)= 7.787.050=A
依據上面例題作三種作法比較。

依法核定		書面審核	核實認列
費 用 計 算	(1)+(2)+(3)X72% =5.462.676 4X 40% =80.000-C A-B-C =2.244.374-D	A-(帳載成本+薪資+費用) =該年度執行業務所得， 如純益率在20%~25%中 可採用25%申報(不用送帳証) 可自行調整費用為 5.840.288-B A-B =1.946.762	A-(帳載成本+薪資+費用) =該年度執行業務所得 如純益率在15%以下憑證 完整純益率為10% 費用 =7.008.345-B A-B =778.705
稅 額 計 算	免稅額288.000 扣除額90.000 2.244.374-288.000 -90.000 =1.866.374 1.866.374X21% -105.100 =286.839-稅額	1.946.762-288.000 -90.000 =1.568.762X21%- 105.100 =224.340-稅額	778.705-288.000 -90.000 =4000.705 400.705X13% -25.900 =26.192-稅額

以上僅列醫生執行業務收入部份，另外薪資、利息或各種其他收入(含配偶及扶養親屬)
薪資合併計算，其稅負是累計的。

藥師：

（一）二○﹪。
（二）但全民健康保險收入（含藥費收入）為九○﹪。
全民健康保險收入已區分藥費收入及藥事服務費收入者，藥費收入為九五﹪，藥事服務費收入為八十﹪。

4 藥局登記有2種

→ 藥局辦理營業登記, 稅額8%, 同一般營利單位。

→ 健保藥局核定申報, 依收入核定固定稅率

1全部收入10%計稅, 90%成本。

2 藥費收入95%成本 5%計稅, 醫事收入80%成本, 20%計稅

以上2擇一.

→OTC產品 申請稅籍時,每3個月國稅局核定稅單寄達, 3個月繳

一次